Kusanagi dan timnya mulai beroperasi sebagai Shell Squad setelah direkrut oleh Aramaki. Pada suatu saat, cyberbrain penerjemah Menteri Luar Negeri terinfeksi virus. Aramaki menduga bahwa Kolonel Malles, yang sedang mengasingkan diri di negara tersebut, berusaha mengganggu jalannya pertemuan rahasia. Ia memerintahkan Kusanagi untuk melacak asal-usul serangan siber tersebut dan menemukan pelakunya.


